注意点としては、
１．CGIファイルやPLファイルをFTP転送する場合、必ずASCIIモードで行なうこと。
（「FTPでアップロードする際の注意」参照）
２．アップロードしたCGIファイルに適切なパーミッションを設定すること。
（「パーミッション設定とは？」参照）
の２点だけです。
１．では、SorcererのFTP機能でアップロードする際の設定法を述べてみましょう。
まず、Sorcererで「AUTO（自動判別）」ボタンを押した状態でのアップロードは、（デフォルト設定では）「HTMLファイル」のみASCII転送されます（それ以外のファイルは、全て自動的にバイナリー転送される）。
これでは、うっかりCGIファイルをバイナリー転送してしまうかもしれませんので、ちょっと設定しておきましょう。FTP画面で上部にボタンが並んでいますが、その中の「Ext」ボタンを押すと「FTP拡張子設定ダイアログ」が表示されます。
この右側に空欄が５個並んでいますが、そこにASCII転送したいファイルの拡張子を入力して、「設定」ボタンを押します（区切り記号のドットは不要です）。
とりあえず、CGIとPLの２つを設定しておきましょう（尚、一つの欄には一つの拡張子しか設定できません）。これで、「AUTO」ボタンを押した状態でもCGIファイルは、きちんとASCII転送されます。でも面倒なら、無理に設定しなくても構いません(^^;)。但し、CGIファイルを転送する際は、忘れずに「ASCII」ボタンを押す必要があります。
２．次に、パーミッションの設定ですが、FTP接続してWebサーバ内のファイルが一覧表示された状態で、設定したいCGIファイルを一つクリックして、選択された状態にします。
その後、上部の「属性」ボタンを押すか、（マウス右クリックで出る）ポップアップメニューから「パーミッション変更」を選ぶと、「パーミッション変更ダイアログ」が表示されますので、適切に設定して下さい。
もしも、プログラムがうまく動かない時は、Perlのパスも疑ってみましょう。
（「CGIとPerl」参照）
それから、プロバイダによっては、CGIファイルは必ず「cgi-bin」というディレクトリに置かなければならないと決まっているところもありますので、プロバイダからの注意事項にはよく目を通しておいて下さい。